ภาควิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ คณะวิศวกรรมศาสตร์ ม. มหิดล เปิดการสอนในระดับปริญญาตรี และปริญญาโท สาขาวิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ รวมทั้งสิ้น 3 หลักสูตร โดยสามารถดูรายละเอียดการรับสมัครของแต่ละหลักสูตรดังต่อไปนี้